Kiropraktiikka on turvallinen hoitomuoto, kun sen suorittaa koulutettu ammattilainen, mutta kuten kaikilla hoidoilla, sillä voi olla joitakin mahdollisia haittoja. Yleisimpiä ovat lievä arkuus, lihaskipu tai väsymys hoidon jälkeen, jotka häviävät yleensä vuorokauden kuluessa. Harvinaisissa tapauksissa voi esiintyä voimakkaampia reaktioita, kuten huimausta tai päänsärkyä.
Vakavat haittavaikutukset, kuten hermovauriot tai verenkiertoon liittyvät ongelmat, ovat erittäin harvinaisia, mutta mahdollisia erityisesti, jos hoito tehdään huolimattomasti tai potilaalla on aiempia riskitekijöitä. Siksi on tärkeää, että kiropraktikko arvioi asiakkaan terveydentilan huolellisesti ennen hoitoa ja käyttää sopivia tekniikoita yksilöllisesti.