Kiropraktiikka on yleensä turvallinen hoitomuoto, kun sen suorittaa koulutettu ammattilainen, mutta kuten kaikilla hoidoilla, sillä voi olla joitakin haittavaikutuksia. Yleisimmät ovat lievä arkuus, lihaskipu tai väsymys hoidon jälkeen, ja nämä menevät yleensä ohi vuorokauden sisällä. Joillakin voi esiintyä tilapäistä huimausta tai päänsärkyä.
Vakavat haittavaikutukset ovat harvinaisia, mutta mahdollisia, erityisesti jos hoito tehdään huolimattomasti tai potilaalla on aiempia riskitekijöitä. Esimerkiksi kaularangan manipulointiin on liitetty erittäin harvinaisia verenkiertoon liittyviä komplikaatioita. Siksi kiropraktikko arvioi aina asiakkaan terveydentilan huolellisesti ennen hoitoa ja mukauttaa käsittelyn yksilöllisesti turvalliseksi.
